从前有个小孩，叫马良。他的父母早逝，让他不得不自力更生，靠打柴和割草来维持生活。说实话，从小他就对画画充满了热情，但可惜的是，连一支笔都没有。
有一天，他经过一个学馆，看见老师在用笔画画。他一下子就被吸引住了，忍不住走了进去，想问能不能借支笔学画。结果，那教师瞪了他一眼，冷冷地说：“呸！你这个穷小子，也敢奢望学画？”毫不留情地把他撵了出去。马良心里明白，这绝不能就这样结束。他下定决心，无论如何也要学会画画，即便是穷孩子也能追求自己的梦想。
于是，他开始了自己的学习旅程。每天上山打柴时，他都会折断一根树枝，在沙土地上练习描绘飞鸟；去河边割草的时候，就用草根沾水，尽量模仿游动的鱼儿；晚上回到窑洞，又在墙上用木炭将白天所见重现出来。没有笔，他依旧坚持着自己的画画梦想。
年复一年，马良每天都投入时间和精力，不曾中断。他的小屋四壁都是他的作品，虽然全是些乱七八糟的画，但他的技艺却突飞猛进。有一次，他画了一只小母鸡，村子里的老鹰都纷纷围绕着，另一回又画了一只狼，把牛羊吓得不敢往山后去。真是挺迷人的，但他心底始终想着，如果能拥有一支真正的笔，该有多好啊！
终于，有一晚，马良在窑洞里昏昏欲睡，忽然间，一阵五彩斑斓的光芒照亮了整个房间，出现了一位白胡子的老人，递给他一支闪闪发光的神笔。那笔沉甸甸的，马良兴奋得几乎要跳起来，真的太开心了！然而，当他再睁开眼睛，发现这似乎只是一场梦，当他看到手中的笔时，疑惑变成了喜悦，激动不已。
他迫不及待地跑出门，敲响邻居们的门，告诉他们自己有了神笔。可是那时候已经深夜了。他先是画了一只鸟，鸟儿扑翅而起飞向天空，跟着又画了一条鱼，鱼嬉戏地游进水里。真的是乐不可支，神笔的魅力令人惊叹。于是，马良开始为村里的穷人忙碌，给没犁耙的人画犁，给缺乏耕牛的画牛，甚至为缺水家里画水车、石磨，全村的人都受益于他的技能。
不过，好事总是传播得特别快，消息很快就传到了附近一个大财主耳朵里。这财主派了两个家丁把马良抓走，逼他画一些金银财宝。虽然马良年纪不大，却非常倔强，对财主的威逼利诱毫不在意。财主气急败坏，于是把他关进了马厩，任凭他挨饿受冻。
然后，傍晚时分，下起了雪，厚厚的一层积雪映衬着寒冷的空气。但当财主路过马厩，看到那红光透出的光线和飘散的香味时，心里腾地燃起了好奇，心想：难道马良还没死吗？果然，他推开门一看，竟然发现马良在暖烘烘的大火炉旁吃饼，显然是在用神笔画出来的。愤怒的财主于是召集家丁准备杀掉马良并夺取他的神笔。然而，十几个家丁冲进马厩，却找不到马良，只看见一架梯子。趁机，马良跨上梯子翻墙逃跑，而财主爬不上去，掉下来的那一瞬间，简直是个笑话。事实上，这也是马良用神笔画上的一部分。
逃离了财主的魔掌，马良意识到留在村里已经不安全了。他挥手告别伙伴们，自言自语：“再见了！”接着，他用神笔画了一匹骏马，跃上马背奔向远方。在路上的时候，突然听到身后传来的喧闹声，回头一看，财主带着一群家丁在后追赶，火把亮得刺眼。
面对紧迫的追逐，马良丝毫不慌，拿起神笔画出一张弓和一支箭，毫不犹豫地射出，将箭正中财主的咽喉。马良驾驭着骏马，迅速逃向远方。
一路跌宕起伏，马良跑了好几天，终于来到了一个城市。在这里，他选择安定下来，开始卖他的画。不过，因为怕别人识破，他故意不让那些画活起来，总是画些少嘴或断腿的，可即使如此，他还是一点点积累着财富。
有一天，他无意中画了一只没有眼睛的白鹤。不知道是哪个环节出了问题，白鹤竟然在他脸上溅上一滴墨水，瞬间复活，振翅高飞，引起了轰动。没多久，当地官员就在第一时间将他报告给了皇帝，马良原本是不想去的，但最终还是抵挡不住，他们把他硬拉过去。
马良对皇帝的恶行记忆犹新，他当然不愿意顺从便拒绝了。皇帝要他画龙，他却调皮地画了一只大壁虎；要求他画凤凰，他又兴致勃勃地画了一只乌鸦。这两只奇怪的生物在金銮殿里肆意妄为，与其说是图画，不如说是捣乱，惹得皇帝极为愤怒，最后命令卫士将马良扔入天牢。
皇帝得到神笔后，试图通过画一些金山来改变局面。可结果画来画去，所有化作的都是一堆堆石头，还差点砸伤了自己的脚。皇帝觉得不甘心，又换金砖，没想到最后画出来的是一条长蛇，张嘴欲噬，幸亏卫兵及时出手，否则麻烦可大了。
最后，皇帝不仅没有得到任何好处，还把马良放了出来，并假装真心诚意奉承，希望能以金银与女儿的婚约来换回神笔。马良心知此乃阴险之计，便决定暗自反击。他表面答应了皇帝，心里却做好了计划。
皇帝期待的摇钱树马上就来，配合马良用神笔画出浩瀚海洋的壮丽景象。尽管海面如镜，倒映着娇阳，皇帝对此却极为不满，喊他赶紧画船。结果，等马良根据他的要求画出船后，随即又加上几笔狂风，波涛汹涌，船只剧烈晃动，皇帝已经开始恐慌了。
这股力量越演越烈，随着浓厚乌云密布，卷起滔滔巨浪，船像一片枯叶般剧烈颠簸，皇帝焦急万分，拼命呼喊停下，但马良偏不听。在狂风暴雨的肆虐下，船终于倾覆，皇帝与他的人全数沉入深渊。
故事讲述至此，《神笔马良》的传奇彻底流传开来。而马良之后又去了什么地方，谁也不知道。有的说他回到了村庄，和种地的朋友们快乐相聚，有的说他继续漂泊，帮助更多需要帮助的人们。
